生物測定学応用実験　分子系統樹作成

分子系統樹作成ソフト（Mac OS X用）

• アライメントソフト：clustalX
• 系統樹作成ソフト：Phylip
• 系統樹表示ソフト：NJplot

ダウンロードされたファイルはデスクトップまたはダウンロードフォルダに保存されます。

ダウンロードされたファイルをダブルクリックするとマウントまたは解凍されます。

中に入っているファイルのうち、.appで終わる次のファイルをデスクトップにコピーしましょう。

テキストエディット.appをDockに表示させておくと便利です。

作業の大まかな流れ

手順映像の目次

1. NCBIからの配列取得1
   • NCBIにアクセスして塩基配列をとってきます。ヒト(Homo sapiens)のEDN(eosinophil-derived neurotoxin)のCDS配列をとります。
2. NCBIからの配列取得2
   • NCBIから塩基配列を取ってきます。ここではチンパンジーとゴリラのEDNのCDS配列を取ります。
3. clustalX
   • clustalXを使って、塩基配列の多重アライメントをします。
4. dnadist(Jukes-Cantorモデル)
   dnadistを使って、Jukes-Cantorモデルによる距離行列を求めます。
5. dnadist(Kimura 2-parameterモデル)
   dnadistを使って、Kimura 2-parameterモデルによる距離行列を求めます。
6. neighbor(UPGMA法)
   • neighborを使って、UPGMA法による系統樹作成を行います。
7. neighbor(Neighbor-Joining法)
   • neighborを使って、Neighbor-Joining法による系統樹作成を行います。
8. dnapars
   • dnaparsを使って、最大節約法による系統樹の作成を行います。
9. dnaml
   • dnamlを使って、最尤法による系統樹推定を行います。
10. njplot
    • njplotを使って、系統樹を描画します。
11. (発展)seqboot
    • seqbootを使って、ブートストラップ配列を生成します。
12. (発展)dnaml
    • dnamlを使って、seqbootで生成されたブートストラップ配列の系統樹を一つずつ最尤推定します。
13. (発展)consense
    • consenseを使って、consensus treeの樹形とブートストラップ値を求めます。